HE染色：HE染色即苏木素-伊红（Hematoxylin-Eosin）染色法，是诊断病理变化的常用染色技术。这种方法对任何固定液固定的组织和应用各种包埋法的切片均可使用。苏木素是一种碱性染料，可使组织中的嗜碱性物质染成蓝色，如细胞核中的染色质等；伊红是一种酸性染料，可使组织中的嗜酸性物质染成红色，如多数细胞的胞质、核仁等在H.E染色的切片中均呈红色。

MASSON染色：Masson 三色染色又称马松染色，是结缔组织染色中最经典的一种方法，是胶原纤维染色权威而经典的技术方法。所谓三色染色通常是指染胞核和能选择性的显示胶原纤维和肌纤维。该法染色原理与阴离子染料分子的大小和组织的渗透有关：分子的大小由分子量来体现，小分子量易穿透结构致密、渗透性低的组织，而大分子量则只能进入结构疏松的、渗透性高的组织。然而，淡绿或苯胺蓝的分子量很大，因此 Masson 染色后肌纤维呈红色， 胶原纤维呈绿色或蓝色，主要用于区分胶原纤维和肌纤维。胶原纤维、黏液、软骨呈蓝色（如亮绿液染色为绿色），胞质、肌肉、纤维素、神经胶质呈红色，胞核黑蓝色。

PAS糖原染色：PAS染色全称为过碘酸雪夫氏染色（schiff periodic acid shiff, PAS），又称糖原染色。一般用来显示糖原和其它多糖物质。细胞胞浆中存在糖原或多糖类物质（如糖蛋白、粘多糖、糖脂、粘蛋白等），过碘酸能使细胞内的多糖乙二醇基氧化为二醛基，其与Schiff试剂中的无色品红结合后呈现紫红色，沉积在细胞内多糖所在之处。

天狼猩红染色：天狼星红染色通常用于组织病理学中胶原纤维的染色，其染色原理是：天狼星红染料呈强酸性，易与胶原分子中的碱性基团结合。胶原被染成红色，肌肉纤维被染成黄色。

甲苯胺蓝染色（TB）：甲苯胺蓝是常用的人工合成染料的一种，属醌亚胺染料类。含有两个发色团和助色团使切片上的组织细胞着色，临床上常用甲苯胺蓝对软骨细胞和肥大细胞进行染色。

尼氏染色：尼氏染色法(Nissl Staining)是用碱性染料染神经组织的一种方法。尼氏体是胞质内的一种嗜碱性物质，广泛见于各种神经元，不同神经元中的尼氏体形状、大小和数量则各有差异。用于尼氏染色的碱性染料主要有焦油紫、亚甲蓝、甲苯胺蓝和硫堇等。我室主要用焦油紫和硫堇染色。尼氏染色法可以染出尼氏体，用来观察神经元内的细胞结构；还可以通过尼氏染色后对尼氏体的观察来了解神经元的损伤情况。

油红O染色：油红O脂肪染色法是指在日常病理诊断和科研工作中为了显示组织内的脂肪常采用油红O进行染色的方法，油红O为脂溶性染料，在脂肪内能高度溶解，可特异性的使组织内甘油三酯等中性脂肪着色。

番红固绿染色（植物）：固绿是酸性染料，是一种染含有浆质的纤维素细胞组织的染色剂，在染细胞和植物组织上应用极广。导管可以被番红染色，筛管可以被固绿染色。番红-固绿染色液（植物染色）适用于高等植物根、茎、叶的染色。